谜团七：地宫有没有空间？目前考古勘探表明，秦陵地宫为竖穴式。墓内可能有“黄肠题凑”的大型木椁。如果是竖穴木椁墓，墓道及木椁上部都以夯土密封。这样一来，墓室内外严严实实，不会再有空间。然而，陵墓主持者之一李斯则说：“凿之不入，烧之不燃，叩之空空，如下无状。”李斯这段话如果记载无误，那地宫明显有个外壳。
按理这段话不会有假。因为李斯曾以左丞相身份亲自主持过陵墓工程，对地宫的构造了如指掌。加之这段话是当面向圣上汇报的，应该说不会有掺假嫌疑。如果按李斯所言可以推断秦陵当是一座密封的、真空的大地堡式 地宫。不然，怎么会“叩之空空”？又怎么会“烧之不燃”？
按文献记载推理地宫是空的，且有较大的空间，但由于考古勘探尚未深入到地宫的主要部位，所以地宫内部究竟是虚是实目前还是个谜。
谜团八：秦始皇遗体完好吗？20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢？如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。
问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，经过50余天的长途颠簸，尸骨才运回咸阳发丧。根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
谜团九：兵马俑伉被焚之谜考古人员在清理兵马俑坑时发现，一、二号坑中有很多火烧的痕迹，陵区有大面积的火烧土分布，同样考古人员在对秦陵陪葬坑的挖掘中也发现了大量火烧土和残余焦木，坑中的棚木基本上都被化为灰烬。究竟是谁对兵马俑坑进行了如此巨大的破坏？从文献资料推测，破坏兵马俑的人应当是项羽。由于项羽的祖父项燕在秦灭楚时被秦将王翦所杀，叔父项梁亦死于秦将手下，因此与秦始皇结下深仇大恨。
但如果是项羽火烧了秦陵，陪葬坑里完好保存着精美的铜鹤、铜鹅、铜鸭子等珍宝一件都没有被运走却让人觉得不可思议。
谜团十：兵马俑诅咒之谜在秦末乱世，秦始皇兵马俑军团原型的秦京师军下落不明，至今无从解答。另据野史记载，曾经击垮了秦帝国的楚霸王项羽，最后却死于“兵马俑”之手。最后在乌江边斩杀项羽的5位骑兵将士，都是关中地区出身的秦人，也都是旧秦军将士，都是秦兵马俑的原型。
垓下之战，汉军60万，杨喜、杨武、吕胜、王翳、吕马童这5名骑士能够留下名字，已经是奇迹了。在十二万分之一的几率中脱颖而出的5人，却是百分之百的旧秦军的将士，而且官职都合于秦京师军，更是决非偶然了。所谓史事锁链一环紧扣一环，最后竟然在项羽之死和兵马俑之间找到历史链接点，引出“兵马俑”杀死了项羽一事来，使人感到了历史的深沉和神奇。
谜团十一：秦陵暗藏“九层妖塔”？坐在飞机俯视秦陵封土，可以清清楚楚地看见一个正方形锥体，所以美国人叫它“黄土金字塔”。其实美国人错了，秦始皇陵不是三层台阶式“覆斗形封土”，而是建造在九层夯土之上的中华土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。还不仅如此，秦陵地宫也是一个同等规模的“倒金字塔”。更让人难解的是，封土台九层夯土似乎暗合了“九层妖塔”之说，这在世界上是绝无仅有的。
“九层妖塔” 虽是小说之言，但是空穴来风。《老子》讲哲学以建筑作比喻，有“九层之台，始于垒土”之说，可见在春秋就有“九层之台”建筑了，可惜还没有发现东周“九层之台”遗迹。秦始皇是个怪人，他在地宫修建30米高楼，仅仅是供灵魂出游地宫的，至于地表造“九层妖塔”之谜，看来要求救考古发现了。
谜团十二：秦始皇灵魂仍可统治一切？众所周知，秦始皇一直想要长生不老。传言一说秦始皇曾多次派人四处求取仙丹，而且令人惊奇的是，仙丹最终找到了！但是，秦始皇发现，他必须在继续当皇帝与长生不老之间做出选择。于是，他以出巡为借口诈死，其实，他至今依然生活在华夏大地之上。
传言二说秦始皇死后躺在纯金打就的棺材里，在水银的河上飘来飘去，并且秦始皇遗体完好无损，用灵魂统治着一切。（修仙了可能）
据1974年春季发现了秦始皇陵以来，几乎整整45年过去了，国家从来没有要开棺的意思，是否是有人在发掘过程中发现了有关秦始皇的惊天内幕？或者上面有人在刻意隐藏我们不为人知的真相？这一切的一切我们都不得而知。
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