公元前108年，38岁的司马迁继任太史令之职。
太史令乍一听还挺高大上的，其实不然，也就是一位执掌天时星历、记录收集保存典籍文献的一个无权无势的小史官。但对于有追求的司马迁来讲。这项工作是如鱼得水，就从这一年开始，司马迁就准备了他的鸿篇巨著《史记》的筹划和撰写工作。
其实，作为史官除记录、收藏、保存文献之外也有整理记录帝王圣贤德治的言行以及收集天下的遗文古事，通过叙事论人的方法阐述观点，说明利害，然后整理成册，为统治阶层提供借鉴的义务。在司马迁之父司马谈作太司令期间，就计划编写一部空前的、系统的历史巨著。但因年龄、身体状况以及学识和经历等诸多原因未能如愿，老父期盼司马迁能完成这个夙愿。为此，司马迁很早就开始做起了功课。
司马迁47岁哪一年，也就是前99年。北方的匈奴对汉王朝的边塞又进行骚扰。李陵受汉武帝点将出击匈奴，他驰骋草原，消灭掉几倍于他的匈奴敌人。李陵接连胜战的消息传到刘汉朝廷，汉武帝喜形于色。众群臣是拜年话说个不停，象什么明主遇到良将，大汉江山万年长啊等等。
其实，李陵只带5000精兵。取得如此战绩，让匈奴人误以为是汉朝主力。然后就以举国之力对付李陵。李陵终寡不敌众，战败被俘。消息又传到朝廷，汉武帝是火冒三丈：败军之将伤我大汉国威。接着众大臣又来个一边倒，李陵打胜仗纯属于侥幸取胜的，或许刚开始他就没安好心……就这样，李陵又成了落水狗。
汉武帝问司马迁有何看法，司马迁的回答有两点：一，李陵带5000人马，杀敌无数，已足以告慰天下之人了；二，他被俘，或许欲将功赎罪，再图谋报答圣上。就这一句话两小点，把武帝惹恼了，他认为是为李陵辩护。一怒之下将司马迁投入大牢，罪名是“诬罔主上”。其意就是攻击污蔑皇上。
后来，大约过了一年多的时间。汉武帝就派一个名叫公孙敖的人，到匈奴一探李陵情况。几个月之后终于打听到了，说李陵正在替匈奴操练兵马。汉武帝大怒：你被俘丢人不说，还敢帮敌人训练兵马灭我汉朝。就这样李陵家人、族人被诛灭九族。司马迁死罪。
当时，死刑犯想活下来，有两条路可以走。第一就是交纳50万钱；第二接受宫刑。司马迁作为无名无利的小史官50万钱无疑是天文数字，借，自己在死牢中，谁愿借呢？用啥还呢？
现在司马迁只能在宫刑和死刑之间进行选择。司马迁明白：选择死显然是最简单的，就连一个奴隶，一个婢女，在受到侮辱时也会选择死亡，更何况是敢于直言的史官呢？当然，如果被官府行刑而死，名声就是罪大恶极，死有余辜；如果是自杀，也没有几人同情其殉节，极可能被认为智尽无能，咎由自取。这些，都还是小事，关键的是自己作为一个史官一无所为，如何向列祖列宗交代？父亲的夙愿并没有完成，如何告慰父亲？
通过思想斗争，最后选择宫刑——男人最没尊严的活法！
司马迁在狱中三年，《史记》的撰写从不间断。
接受宫刑的人惧冷怕风，时时刻刻有死亡的风险。因此施宫刑的牢房必须有保暖的设备，如同乡下养蚕的房子，因此“宫刑”也被称之为“下蚕室”。
宫刑出狱之后，他精神枯槁，弱不禁风，“每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也”。就连昔日好友（如任安）也不理解他。当时的司马迁备受极大的精神折磨。
到公元前93年的11月他给好友任安的信（即《报任安书》）中透露《史记》130篇完成了。
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