顺治在十八年正月初三（1661年）被天花病毒（也称痘症）感染，因生天花病倒在床。
从关外来到中原的满族，对中原地区流行的死亡率相当高的天花非常缺乏免疫力，豫亲王多铎就是因为出花在顺治六年去世，享年36岁。
因对成年人出花的恐惧，每年的冬春之交顺治都要去南苑行宫“避痘”，但顺治十七年的冬季却是个例外，顺治不仅未去避痘，反而被董鄂妃的葬礼弄得疲惫不堪。
于是，天花病毒乘虚而入。
顺治体质本来就不是很好，亲政后的刻苦攻读竟累得吐血，用现在的话说就是得了肺结核，而按照当时的说法就是得了“痨病”，在抗生素尚未发明的情况下痨病不可能痊愈，得了痨病的人也不可能长寿。
在痨病的阴影下，孝庄皇太后实在不敢奢望顺治能活到他父亲的年纪，说句心里话能有他叔叔多尔衮的阳寿她就很知足了。
其实就连顺治自己也意识到这一点，他曾对木陈和尚说道：“老和尚许朕30岁来为祝寿，庶或可待，报恩和尚来祝40，朕绝候他不得矣，”并指着面颊说“老和尚相朕面孔略好看……
此骨已瘦如柴”，当木陈劝顺治当“早睡安神”“拨置诸缘”时，顺治则说道：“朕若早睡，则终宵反侧，愈觉不安，必谯楼四鼓，倦极而眠，始得安枕耳。
”20多岁的人，已经虚弱到宛若一盏将尽的残灯。
如果没有经受董鄂妃去世的打击，顺治或许还可以活过30岁，但他的红颜知己董鄂氏在顺治十七年八月仙逝（1660年），孝庄已经意识到顺治的阳寿也快到头了。
有其父必有其子，当年皇太极就是因为无法摆脱宸妃去世的巨大悲痛而撒手人寰的，但令孝庄始料不及的是，儿子走得比父亲还快……
为了能追封董鄂氏为皇后，顺治竟至闹到寻死觅活的地步，皇太后虽然让了步，但皇帝仍意犹未尽。
为了弥补心灵上的缺憾，顺治以最高的级别主持董鄂妃葬礼，他以蓝墨批本（只有皇帝或太后去世才用蓝墨批本），又亲自主持49天的景山大道场，从建水陆道场到“起棺”、“举火”、“收灵骨”、“迎神主”……
一直到“断七”，顺治事必躬亲。
按说到十月初八过了“断七”丧事也就结束了，但余哀未尽的皇帝在十月十六日及二十七日又在景山两次建“陟天道场”，十一月初八还在西苑及广济寺同时举办“仙驭道场”。
过度的悲伤、主持葬礼的疲惫都伤害了顺治帝本来就多病的身体。
那极为虚弱的命门火随时都可能熄灭。
顺治十七年九月初十，在火化董鄂妃遗体时，隆安和尚曾低声问主持火化仪式的行森：“上来，也请师接？”了解内情的人都很清楚：下一个隆重的火化仪式就该轮到顺治了。
从正月初三一显示出痘症，孝庄就意识到顺治应该确立继承人了。
从顺治亲政后，这是惟一一次母子能想到一起的一件大事。
尽管都想到立继承人，但究竟立谁，母子之间还是存在尖锐的分歧。
在顺治看来，只有立一位年长的继承人才可能避免幼主临朝所产生的种种危机；而当时他的儿子最大的也只有八九岁，所以他排除了传子而决定传贤；但他的兄弟中也没有一个可以委之重任的人，因此便考虑到一个能干的堂兄弟——安亲王岳乐。
顺治的安排，遭到孝庄皇太后的断然否决，在孝庄看来，帝系的转移所引发的问题比幼主临朝还要错综复杂。
即使到了生命的最后一刻，母子之间依旧不能沟通。已经没有更多的时间进行争论了，孝庄皇太后立即派人把传教士汤若望请进紫禁城进行磋商。
汤若望虽然来自德国，但自1619年到明王朝统治下的中国传教，就对汉族传统文化、政治体制的了解，比相当多的满洲权贵还要深，这也是他能成为顺治忘年之交的一个重要原因。
因而当“皇帝使人问汤若望的意见”时，汤若望建议：册立已经生过天花的皇三子为继承人；而为了避免亲王辅政所造成的大权旁落，孝庄皇太后也打算建议顺治撇开宗室亲王、起用异姓臣子辅政……
在有生之年顺治所做的最后一件事也是违心的，他的传贤不传子的主张不仅遭到皇太后的反对，也遭到两黄旗大臣以及汉族官员的反对，就连他一向尊重、信赖的“玛法”（满语老爷爷）汤若望也站在太后一边。
已经没有体力争辩的顺治，颁布的最后一道命令就是：册立八岁的皇三子为皇太子，赐名玄烨，同时挑选最为忠诚的索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜作为辅政四大臣，以明年（1662年）为康熙元年。
正月初六，孝庄已经 “传谕民间：毋炒豆、毋燃灯、毋泼水，始知上疾为出痘”，然而上述一切禁忌的公布，不过反映出只要有一线希望母亲都不会放弃的愿望。
初七子时，顺治在养心殿去世，这一年孝庄皇太后47岁。
据一位参加过顺治丧礼的外国传教士记载，那是个寒冷的日子，太后一身黑色，手扶着栏杆，悲痛万分地望着宫里的人把顺治生前使用过的物品抛入燃烧的火堆中，白发人反送黑发人……
突突蹿动的火苗，考干了她脸上的泪水……
任性的儿子走了，把苦涩留给了母亲，她的心血全都付之东流，为了大清王朝的江山社稷她得义不容辞地再承担起教化幼主、辅佐幼主的重任。
正月初九皇太子玄烨即皇帝位，辅政四大臣在顺治的灵位前向皇天上帝宣誓：要“誓协忠诚，共生死，辅佐政务；不私亲戚，不计怨仇；不听旁人及兄弟子侄教唆之言，不求无义之富贵；不私往来诸王贝勒等府，受其馈赠；不结党羽，不受贿赂；惟以不结党羽，不受贿赂；惟以忠心仰报先皇帝大恩；若复为身谋，有违斯誓，上天殛罚，夺算凶诛”。
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