明朝崇祯皇帝的死是一个国家的悲剧，但是他原本是有机会东山再起的，可是他却选择了一条最决绝的道路。
李自成进京，崇祯皇帝吊死在煤山，标志着明朝的灭亡。南京原是明朝的首都，明成祖定都北京后，南京成为陪都。北京失守十余天后，消息才传到江南。四月十七日，在南京的大臣们心急如焚，立即着手推举新君。
由于崇祯的三个儿子均被大顺军俘获，在没有直接皇位继承人的情况下，南京的大官僚与手握兵权的将领开始为立哪位藩王拉帮结派，明争暗斗。当时的皇位备选人有福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛，潞王朱常淓。在这几人中，朱由崧最有优势，但朱由崧当时并不在南京，而在淮安。
部分东林党人对福王继统心存顾虑，原因是朱由崧的祖母是明神宗朱翊均宠爱的郑贵妃，明朝后期的“红丸”、“梃击”、“移宫”等著名案件都与郑贵妃有关。神宗与郑贵妃都非常喜欢老福王朱常洵，想要立他为储君，只是由于东林党的反对才希望落空。东林党魁首钱谦益、南京户部尚书高弘图等人担心，朱由崧继位后会算老账，于是反对立他，转而支持立潞王朱常淓为帝。
史可法是南京兵部尚书，又是东林党左光斗的门生，对于立不立朱由崧，一时拿不定主意，经过考虑，决定同凤阳总督马士英商量从桂王与福王之间选定继位者。史、马商量的结果是拥立桂王，史可法也指斥福王“不孝、虐下、干预有司、不读书、贪、淫、酗酒七不可立”，但在关键时刻，马士英得到密报，说总兵高杰、黄得功、刘良佐准备拥立朱由崧，而这些人都归马士英节制。马士英担心自己被架空，立刻见风使舵，转而拥护福王。当南京的大臣传阅马士英的书信后，虽感到震惊，也无可奈何。
马士英(约1591—1646年)，贵州贵阳人。本姓李，过继马氏，明万历己未(1619年)年进士，明末凤阳总督、南明弘光朝内阁首辅，人称“马阁老”，后事败被清廷所诛。有清一代，其为人颇遭指责。但顾诚《南明史》认为：马士英固然不是救时之相，但把他列入《明史》奸臣传似乎过重，把他同阮大铖称为“阉祸”更是无中生有。
五月十五日，朱由崧即皇帝位，以次年为弘光元年。拥护他的那批人被授予高官，尤其是马士英，加太子太保兵部尚书，而史可法的职衔虽高于马士英，但因拥立问题被排挤出外，为避嫌疑前往淮阳督师。此举曾引起舆论大哗，史可法也看到大局堪忧，但他决心“鞠躬致命，克尽臣节”。
朱由崧即位后本应励精图治，以雪先人之耻，但实际情况却是弘光朝廷在建立之初就腐朽不堪，危机四伏。史可法反对朱由崧继统的理由之一就是他贪图享乐，酗酒好色。果不其然，刚刚当上皇帝后，朱由崧就下令在南京、苏杭等地采选秀女。其爪牙为迎合主子的需要，强征民女，害得老百姓家破人亡。好酒贪杯是朱由崧的另一大癖好。他常常通宵达旦地听乐纵饮，大臣几番进谏都无济于事。皇宫内廷悬挂的楹联竟是“万事不如杯在手，百年几见月当头”。
掌握实权的马士英、阮大铖等同样醉生梦死，他们不仅不减轻赋税，还勒派军饷，增加盐酒课税，甚至动用手中权力卖官鬻爵，搜刮金银财宝。民谣“中书遂地有，都督满街走，监纪多如羊，职方贱如狗，荫起千年尘，拔贡一呈首。扫尽江南钱，填塞马家口”，就是用来讽刺马、阮贪得无厌的。
朝廷也是门户林立。马士英以拥戴首功结党营私，不顾舆论反对，将阉党阮大铖拉入内阁，许多官员纷纷告退。阉党当权后，大肆打击迫害反对派，阮大铖还编过一本东林、复社人士黑名单《蝗蝻录》。另一方面，在弘光政权酝酿之初，就围绕立福王还是潞王起了争执。东林党人为自己的利益反对拥立福王，当福王借助马士英等人的支持登上宝座后，东林党人希望破灭，他们不能将矛头直接指向当今圣上，只能把马士英当作发泄对象，尤其是马士英冒天下之大不韪起用魏忠贤逆党阮大铖，更是给东林党人以口实。东林党人以正人君子自居，崇尚气节，公开鄙视马、阮之流。由于门户之见，整个弘光朝廷忙于勾心斗角，互相倾轧。
悍将同样拥兵自重，不听朝廷指挥。朱由崧能登上帝位，高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清功不可没。他们原为败军之将，现在摇身一变，反而成为定策元勋。黄得功，字虎山，由于同张献忠等作战，累功至庐州总兵，后因平定叛将刘超功，封靖南伯。刘良佐，字明辅，同样因与起义军作战，升任总兵官。高杰，字英吾，原为李自成部将，降明后多次追剿农民军，因功升总兵。刘泽清，字鹤州，崇祯末年升至山东总兵。朱由崧继位后，封黄得功为靖南侯，高杰为兴平伯，刘泽清为东平伯，刘良佐为广昌伯。四镇自恃定策有功，桀骜不驯，皇帝和朝臣对他们无可奈何，马士英表面上以首辅自居，实则也受四镇牵制，无法有所作为。
弘光政权的财政也同样是入不敷出，他们大肆搜刮民脂民膏。弘光朝廷统治着最为富庶的江南地区，由于统治集团奢侈腐败，竟然使得财政入不敷出。除朝廷要征税，四镇军阀也要搜刮。老百姓交不起税，只能卖儿卖女，社会矛盾非常尖锐。
清军奠都北京后，已经成为弘光朝廷最大的敌人，但朱由崧和弘光诸大臣鼠目寸光，没有远见，相信清军乃为其报君父之仇，决定要联合清军共同对付农民军。这样一来，“联虏击寇”就成为弘光朝的一项基本国策。顺治元年七月十八日，弘光朝以左懋第、陈洪范、马绍愉为代表，组成北使团，前往北京议和。二十一日，使团携带御书以及赏赐给吴三桂的黄金一千两、白银十万两及大量绸缎，由南京出发，走水路经济宁、临清、德州，于十月十二日从正阳门进入北京城。弘光使团以割让山海关外地和岁币十万两为条件，向清廷求和，但清方对南明使团的到来态度冷淡，只派大学士刚林与使团交涉。
刚林蛮横，指责弘光朝擅立皇帝，拒绝议和。十五日，清户部官员将财物收去。二十六日，刚林传达多尔衮的旨意，要求北使团明早即行，并声称要发兵南下。北使团见和谈无望，仅要求祭祀和改葬崇祯，也被刚林拒绝。次日，北使团在清方将领的押送下南返。由于陈洪范在途中向清方密奏扣留左懋第、马绍愉，自己愿归降，所以当北使团一行来至沧州时，左、马二人被扣回北京，放陈一人回去。十二月十五日，陈洪范抵南京，一边麻痹弘光君臣，一边挑拨朝廷与黄得功、刘良佐的关系，以便拉黄、刘降清。弘光朝君臣虽然认为事有可疑，但没有深究，只是让陈洪范回籍了事。
清摄政王多尔衮写信给史可法，对弘光称帝严加斥责，令他们去掉帝号，仍称藩王，共同讨贼，否则便加征伐。史可法复信答应“合师进讨，问罪秦中”。北使团失败后，史可法也逐渐认识到与清方议和不现实，开始考虑与清军作战。1645年，史可法命高杰率军北上。正月初十日，军队来到睢州。镇守该地的许定国已暗中投降清军，考虑到高杰兵多将广，不敢与之正面冲突，于是设计把高杰骗入军营，灌醉后将其杀害。史可法得知高杰被害得消息，赶赴军营做善后事宜，稳定军心。高杰被害，同为四藩镇之一的左良玉起兵造反。他坐镇武昌，兵强马壮，开始并非真心拥立福王，在其手下劝说后，才表示拥戴。左良玉一介武夫，割据称雄，拥兵自重。早在弘光朝廷发生“假太子”案时，左良玉与马士英的意见就不和。左良玉抓住朝中大臣对马士英、阮大铖把持政权不满的机会，以讨伐马士英为名，率军攻打南京，南明政权大为恐慌。当兵至九江时，左良玉突然病死。左良玉死后，他们对南京的威胁解除了。
史可法(1601—1645年)，字宪之，又字道邻，河南开封人，明末清初抗清名将。崇祯元年(1628年)进士，北京城被攻陷后，史可法拥立明福王为弘光帝，官至督师、建极殿大学士、兵部尚书。1645年，清军大举围攻扬州城，不久后城破，史可法拒降遇害，尸体不知下落。史可法死后，扬州梅花岭一带有许多号称是史可法的军队，所以当时有史可法未死的说法。乾隆帝称赞史可法“支撑残局、力矢孤忠，终蹈一死以殉”，“足称一代完人，为褒扬所当及”，追谥为“忠正”。后人收其著作，编为《史忠正公集》。
在左良玉出兵的同时，清方也在积极筹划向南进发，意图攻克弘光政权。1644年十月二十五日，多尔衮命多铎率师南下。次年，清军开始向南京进发。三月初七日，清军兵分三路向归德出发：多铎统兵出虎牢关口，固山额真拜尹图等出龙门关口，兵部尚书韩岱、梅勒章京伊犁尔德、侍郎尼堪等统外藩蒙古兵出南阳路。四月初五，清军从归德出发，十三日到泗州，夜渡淮河，直趋扬州。十八日，兵临城下。史可法向各镇求援，但无一至者。实际上，高杰、刘良佐等人已陆续向清方投降。二十四日晚，清军以红衣大炮轰城，次日，扬州陷落。在守城期间，豫亲王多铎曾先后五次致信，史可法都不启封。城破被执后，多铎仍倍加礼敬，劝其投降。史可法曰：“城存与存，城亡与亡，我头可断，而志不可屈。”慷慨就义。由于遭到扬州城军民的坚决抵抗，清军恼羞成怒，在攻克之后进行了惨绝人寰的大屠杀，史称“扬州十日”。
五月初五，清军抵达长江北岸。初八日，取镇江。初十日，弘光帝与宦官、后妃数十人逃出城外。十七日，多铎进入南京。来不及逃跑的许多官僚，手捧明疆域图本、户粮簿籍，冒雨跪降，“文武各官争趋朝贺，职名红揭堆至五尺者十数堆”。清改南京为江宁府，并派洪承畴为江南总督，招抚江南各省。朱由崧逃出南京后，奔往太平府(今安徽当涂)，当地官员不予接纳，于是转投黄得功。清方得知朱由崧出逃，马上派刘良佐追击。后黄得功被杀，朱由崧被活捉，多铎将其带到北京宣武门外斩首，弘光政权灭亡。
清廷改南直隶为江南省，以洪承畴总督军务，招抚江南，经略西南。洪承畴也十分卖力，劳累得几乎双目失明，为清军平定江南立下汗马功劳。
另一方面，马士英逃出南京后，带着邹太后东奔西转，于五月二十二日到达杭州，得知弘光帝被俘后，马士英与杭州官员商量请潞王朱常淓监国。六月初八日，朱常淓就任监国。朱常淓乃庸才，毫无治国能力，只是一味求和，希望能偏安一隅。清军却迅速向杭州逼近。六月十一日，清军到达塘西，马士英、阮大铖等又踉跄逃窜。十四日，清军占领杭州，潞王朱常淓投降。
潞王朱常淓的投降，带来了极其严重的政治后果。在朱由崧的弘光政权垮台后，朱常淓是血缘上最接近于万历皇帝的藩王，在皇位继承问题上最少争议。如果他坚持抗清，各支反清力量就比较容易团结起来，形成一股比较强大的势力。他的投降使得朱氏近支宗室几乎全部落入清军之手，直接导致两个远支宗室对皇位的争夺：鲁王朱以海和唐王朱聿键争立，朱聿键之弟朱聿金粤则援引“兄终弟及”同桂王朱由榔争立。
内斗严重消耗了南明的抗清力量，真可谓明朝气数已尽。
