从龙入关人员以及入关后的归附者外，考察八旗汉军还必须要关注这支军队中的一股特殊势力，也就是我们通常所说的“三顺王及续顺公”所部人员的编制变化。所谓“三顺王”及“续顺公”，是指清太宗皇太极天聪、崇德年间先后降附清朝后金的明朝将领孔有德、耿仲明、尚可喜和沈志祥。孔、耿、尚三王与续顺公沈志祥及其亲族虽在清初就已编人八旗汉军，但其所部并未隶属于八旗汉军，只是在编制、待遇等方面与八旗汉军相似。
三王、续顺公以及后降的吴三桂所领旧部是既非八旗也非绿营的一种特殊的军事编制。这是清初统治者对降兵降将实施笼络和利用独特政策的结果。直到“三藩之乱”后，他们所隶旧部以及三王、续顺公的后代子孙才被归入八旗。这也是康熙朝八旗汉军佐领数有较大增长的重要原因之一。
这里重点讨论的是在三藩之乱后被编入八旗汉军的所谓“叛逆”，在乾隆朝八旗汉军大规模出旗的浪潮中扮演了怎样的角色。康熙帝平定“三藩”叛乱后，吴三桂所部，除散其裹胁者外，悉发边远充军，以罪人待之，不编入旗岫。此外尚有余存的孔有德、耿精忠、尚可喜残部，因为实力已受到极大的削弱，“其藩下诸部落亦分隶旗籍”。
至此，三顺王、续顺公的余部才完全被编入汉军。三顺王和续顺公沈志祥本人及亲族分别整编的八旗汉军佐领，入旗较早，而且在汉军出旗过程中基本保持稳定。如，康熙二十二年(1683年)十二月，“命尚之孝、尚之隆等家下所有壮丁，分为五个佐领，隶镶黄旗汉军旗下”。考诸《钦定八旗通志-旗份志》，尚氏所领有的五佐领在乾隆六十年仍然存在，而其他三王所属佐领也并未削减，这就说明在八旗汉军裁减的过程中，由三顺王和续顺公沈志祥本人及亲族编成的佐领似乎并未受到波及。至于原隶属藩下的普通士兵在被编人各地驻防汉军后，在乾隆裁减汉军过程中并未受到优待，与驻防各地的八旗汉军一同出旗为民。
