府院之争指民国五至六年(1916年至1917年)黎元洪与段祺瑞之间的权力斗争。1916年6月袁世凯死后，原第一任副总统黎元洪依法继任大总统，段祺瑞任国务总理，段掌握军政大权，与黎元洪分庭抗礼。先是在国务院秘书长人选问题上，黎元洪和段祺瑞发生了争执，最后由徐世昌出面了结。
一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方斗争更趋激烈。为了达到主战的目的，段祺瑞将其手下的十几个督军叫到北京，组成“督军团”，对黎元洪施加压力，但未获成功；后来段祺瑞又叫人写了对德宣战书要总统盖印，黎元洪为了平息风波，勉强在文件上盖了章。
恰在这时，段祺瑞向日本借款一事被揭露。1917年5月21日，黎元洪瞅准时机在这时下令撤销了他的总理职务，段祺瑞愤然离京去津，并且指出根据临时约法，总统无权撤销总理职务，不承认黎的免职令。因一方为总统府，一方为国务院，所以它们间的争斗被称为“府院之争”。
之后黎元洪请督军团团长张勋于6月14日入京调解。张勋入京后，拥立宣统复辟。事件为段祺瑞所镇压，黎元洪于事后辞去总统职，总统改由冯国璋担任。府院之争告一段落。
关于府院之争，中国历史书对此有着种种奇怪的论调，比如有人说因为府院之争其实质反映了美国、日本利益在中国的争夺。其实黎元洪没有加入美国民主党或者共和党，和美国没有什么深的渊源。段祺瑞也没有加入日本什么组织，他们都只是根据自己的意愿行事。虽然段祺瑞执政时期中日关系相对比较友好，但是那只是为了共同对付苏联的需要---因为苏联主导分割了中国的蒙古。
府院之争的本质是内阁制本身存在重大缺陷，即宪法虽然规定总统只是名义上的国家元首，不掌握任何实质权力，但是在一般人的心目中，总统是具有最高权力的，黎元洪之所以敢于免除段祺瑞的总理职务，基于一般民众这样的民意基础。而段祺瑞根据宪法规定指出黎元洪无权免除他的职务，本身具有法律效力，但是他还是去职了，说明这种思维定式已经超越了单纯的宪法规定。虽然府院之争的原因非常复杂，但是不能不说内阁制本身存在重大缺陷，也是重要原因之一。
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