其实义和团是一个很复杂的组织，我们的历史教科书上只说义和团『扶清灭洋』，但却没有说义和团也杀清兵。事实上最早的义和团，就是一个在反清和扶清之间来回摇摆的组织。
戊戌变法那一年，义和拳首领赵三多、阎书勤在邢台市威县发动起义。当时起义民众主要是杀洋人和被洋人豢养的假洋鬼子。但是洋人背后有列强撑腰，若是杀洋人，西方列强必然要进行干涉。朝廷又怕洋人，若是不管不问，追究起来就完蛋了。于是当地的清廷衙门立即派兵对起义民众进行镇压。
转到来年，山东平原县又掀起义和团。平原知县蒋楷立即镇压，当地义和拳首领李长水也不含糊，召集附近荏平和高唐等地的义和拳势力助战，将清廷派来镇压的衙役一顿暴揍。这次事件后来被称为“平原起义”。
虽然平原义和团打出了『扶清灭洋』的宣传口号，但是殴打衙役这是谋逆大罪！因此清政府便派出了袁世凯的二哥，山东后补知府袁世敦前去镇压。这一次袁世敦带的清朝正规军，一水的洋枪队，义和团不能敌，几个首领便被清军游击马金叙活捉。如果义和团这个事放在几十年前，必然是要被千刀万剐，株连九族的！但问题是当时山东确实存在传教士欺压中国人，依附于洋人的假洋鬼子为虎作伥，当地官员不管不问的现象，这一点连袁世凯都不否认。
“东省民教积不相能，推究本源，实由地方州县各官，平时为传教洋人挟制……往往抑制良民……而教民转得借官吏之势力，肆其欺凌，良民上诉亦难伸理。积怨成仇，有由然也。”——袁世凯
因此有一些对洋人很反感的官员，比如当时的山东巡抚毓贤就是仇视西方列强，对民众反洋教情绪比较同情的官员。他认为义和团民气可用，便没有追究殴打衙役的义和团的责任。反倒把镇压义和团的平原知县蒋楷和后补知府袁世敦给撤职了。这样一来，就等于山东巡抚纵容了义和团闹事。
山东的洋教士认为巡抚毓贤拉偏架，便把状告到了北京的列强驻华大使那里。在列强的外交压力下，清政府将毓贤革职查办，另派了袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。
也就是说，袁世凯是因为原巡抚毓贤镇压义和团不积极，清廷才改派他署理巡抚。朝廷让他去山东，就是让他积极一点，不能像毓贤那样纵容义和团，否则何必派他去？
于是1899年底，袁世凯在济南就任山东巡抚之后，就在山东开始严格限制义和团的活动，不让义和团做大做强。
这里要讲一下义和团的组织结构。其实义和团是一个很复杂的组织，从成分来看，既有贫苦农民、手工业者、城市贫民、小商贩和运输工人等下层人民，也有部分官军、富绅甚至王公贵族，更有不少不少流氓无赖。所以义和团分为很多种类型，有官团、私团和假团三种。
所谓官团，就是指接受清廷的招抚，向清政府挂号，接受清廷官员的统率，领取其粮饷的团民。这些人得到了清政府的承认，听从清廷的其调遣。袁世凯到任山东后，对这些官团进行了安抚。
私团则是团民自发组织，政治倾向与官团比较接近。但是独立性很强，不愿意接受清政府的调遣（不信任清政府），具有不可控性。袁世凯到任之后，对山东境内的私团进行了严格的限制。不听话的就剿，听话的就是暂时留着。
再就是假团，一个比私团还松散的组织。这种假团又分成两种情况，一是不服从清政府的统治并起兵攻打县衙、州府，属于真正的反清组织。扶清只是这种假团为了反清，使出的一种迷惑手段；二是地痞流氓借助义和团身份，假装自己是义和团，但干的却是鱼肉乡民、烧杀劫掠的勾当。这两种假团，袁世凯没有跟他们客气，直接就派兵镇压了。
从对三种义和团的剿抚手段来看，袁世凯并不傻。他并没有一刀切，而是先看哪些势力可以利用，哪些势力就是搅屎棍。对于搅屎棍，他是坚定的剿灭态度。但问题是，山东的义和团以搅屎棍为主，听话的不多。因此山东的义和团大量逃亡，潜入直隶。
当时的直隶正逢大旱，一连几月没下雨。老百姓盼星星盼月亮的求下雨，但是老天爷就是不赏脸。于是义和团中的一些阴谋派就以此做文章，说不下雨是洋人造成的，是天神厌恶洋鬼子。只要把洋鬼子们都杀了，老天爷自然会下雨。因此，直隶饱受旱灾困扰的老百姓纷纷加入义和团。在山东被抑制的义和团，在直隶又死灰复燃了。到了1900年5月，直隶义和团的规模超过了十万人。
清廷的阴谋派代表端郡王载漪见义和团的势力如此之大，他就打起了鬼主意。他对慈禧太后说，洋人现在正准备进北京来谈判，他们是对你囚禁光绪帝不满，来找你茬的！慈禧当时恰好因为废光绪的事情很伤脑筋，被载漪这厮一通忽悠，又惊又怕。于是她就问载漪，你有什么好办法？载漪就说，义和团现在势力这么庞大，而且他们扶清灭洋，正好可以为我们所利用。有二十万义和团，何愁洋鬼子？
慈禧一开始时不同意载漪的说法，但是架不住局势恶化，载漪又频频入奏，极力的在她面前称赞义和团能刀枪不入，慈禧便信了载漪，允许义和团合法发展，后来还准了义和团进北京的请求。并让载漪统率虎神营和义和拳，准备与洋人开战。
备注：戊戌变法后，光绪被软禁。慈禧预谋废掉光绪，立载漪的儿子溥儁为帝，但遭到了西方各国的干预。载漪因此迁怒于人，认为只要打败了列强，他儿子就能继位，他也能跟着沾光。便毫无底线的扶持义和团，打压反对义和团的官员。
朝廷对义和团的态度转变，远在山东的袁世凯一直都在静观事态发展。因为义和团的情况他很清楚，无非就是上面说的三种类型——听指挥的少，不听指挥的多！如果纵容义和团发展，就一定会出事。就在载漪、刚毅等人放义和团进京后，果然就出事了。
1900年5月12日，义和团攻打涞水县高洛村的洋教堂。练军分统杨福同前往弹压，结果清军在半路遭到数千义和团的伏击，清军死伤无数不说，分统杨福同也被打死。
1900年5月27日，三万义和团占据涿州，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙。义和团占据和控制州城，逼死朝廷命官，这跟造反已经没有何区别了。直隶提督聂士成本来还打算前往涿州镇压，结果被载漪和刚毅一通弹劾，连官都丢了。气的聂士成以死明志，后来还真的战死在了前线。
义和团中间的一些胆子大看到载漪和刚毅如此支持自己，便开始攻打北京的使馆和教堂，这一下就把事情闹大了。而慈禧太后又不管，结果直接引来了八国联军侵华。
1900年6月17日，八国联军向天津大沽口炮台的清军守军开炮，清军开炮还击，双方激战过后，大沽口失守，八国联军登陆天津。这一下袁世凯坐不住了！因为他知道八国联军的目的是打义和团，只要山东没有义和团，洋人就不会进山东。于是袁世凯赶紧布置兵力围剿义和团，基本把山东的义和团给杀绝了。
到了1900年6月21日，慈禧以光绪的名义向十一国宣战，湖广总督张之洞与两江总督刘坤一立刻声称这是伪诏，并号召东南各省互保，拒不奉诏。袁世凯一看有人挑头，赶紧加入了东南互保，并加紧对义和团进行围剿，最后终于凭借东南互保和山东没有义和团这两项优势，力保山东没有受到八国联军的影响，也保住了他的北洋新建陆军。
总的来说，袁世凯是个精明人。他知道自己到山东的任务是什么，因此从1899年12月署理山东巡抚开始限制义和团，到1900年6月大举镇压义和团。他在这六个月的时间内，他都是看着朝廷的风向进行操作的。起先袁世凯只是挑义和团中的刺头下手，比如枪毙自称刀枪不入的义和团大师兄。让义和团人心瓦解，不敢再在山东蛊惑人心。大大的遏制了义和团中的投机分子。
进行遏制之后，袁世凯就一直观望，不得罪载漪和刚毅这些人（聂士成就倒霉了）。后来在确定了八国联军侵华后，他立即对义和团进行大清洗。反正连慈禧太后都跑路了，载漪又能耐他何？
至于说袁世凯为什么要镇压义和团，这个道理很简单。义和团属于不可控因素，没有人能保证义和团就一定会贯彻『扶清』这一宗旨。因为义和团中混杂了反清分子，还多次设伏攻打官军。袁世凯作为实干派代表，他不可能容忍义和团这种不安定因素存在。后来清政府与列强签订《辛丑条约》后，直隶的义和团就果然打起『反清灭洋』的旗帜。四川的义和拳组织更狠，提出『灭清剿洋兴汉』口号，直戳清政府的软肋。袁世凯乘机再剿义和团，得到了慈禧的信赖。并在荣禄去世后，受命署理直隶总督兼北洋大臣，一跃而成为中外所瞩目的实力人物。
结尾：很多人说慈禧太后支持义和团，袁世凯镇压是胆大包天，其实这是不准确的。因为袁世凯最初到山东时，慈禧太后是不支持义和团的。实际上慈禧是在1900年6月才开始明确支持义和团，那个时候袁世凯早已经将山东的义和团给整肃干净了。然后袁世凯加入东南互保，与张之洞、李鸿章等人结为同盟。到了8月，慈禧宣布义和团为叛逆，动员清军绞杀。这个时候的袁世凯不仅无过，反而有功。
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